PHP CGI和ISAPI_PHP都是用于在Web服务器上运行PHP脚本的方法，它们之间的主要区别在于它们的实现方式和性能。

1、PHP CGI

PHP CGI（Common Gateway Interface）是PHP的一种运行模式，它允许Web服务器通过CGI协议与PHP解释器进行通信，当Web服务器接收到一个包含PHP代码的请求时，它会将请求发送给PHP解析器，然后解析器会执行PHP代码并返回结果，Web服务器将结果返回给客户端。

优点：

性能较好，因为每个请求都会创建一个新的PHP进程。

可以更好地控制PHP进程的资源使用，例如内存限制。

缺点：

相对于其他方法，启动PHP进程的时间较长。

2、ISAPI_PHP

ISAPI_PHP是另一种在Web服务器上运行PHP脚本的方法，它是一种扩展的CGI模式，允许Web服务器直接与PHP解释器进行通信，ISAPI_PHP的性能通常优于PHP CGI，因为它不需要为每个请求创建新的PHP进程。

优点：

性能较好，因为ISAPI_PHP不需要为每个请求创建新的PHP进程。

可以更好地控制PHP进程的资源使用，例如内存限制。

缺点：

配置相对复杂，需要安装和配置Web服务器的扩展模块。