在PHP中，我们通常使用MySQL数据库来存储和管理导航菜单的配置信息，以下是一个简单的例子：

我们需要创建一个数据库表来存储导航菜单的信息，这个表可能包含以下字段：id（唯一标识符），title（菜单项的标题），url（菜单项链接的URL），parent_id（父菜单项的ID，用于表示菜单项的层级关系）。

CREATE TABLE navigation (
  id int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  title varchar(255) NOT NULL,
  url varchar(255) NOT NULL,
  parent_id int(11) DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (id)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

我们可以使用PHP的PDO或mysqli扩展来查询数据库并生成导航菜单，以下是一个简单的例子：

<?php
$pdo = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=test', 'username', 'password');
$sql = "SELECT * FROM navigation WHERE parent_id IS NULL";
$parents = $pdo>query($sql)>fetchAll();
foreach ($parents as $parent) {
    echo '<li>'.$parent['title'];
    
    $sql = "SELECT * FROM navigation WHERE parent_id = ".$parent['id'];
    $children = $pdo>query($sql)>fetchAll();
    
    if (!empty($children)) {
        echo '<ul>';
        foreach ($children as $child) {
            echo '<li><a href="'.$child['url'].'">'.$child['title'].'</a></li>';
        }
        echo '</ul>';
    }
    
    echo '</li>';
}
?>

在这个例子中，我们首先查询出所有的父菜单项（即parent_id为NULL的菜单项），然后对于每个父菜单项，我们再查询出它的所有子菜单项（即parent_id等于父菜单项id的菜单项），并生成相应的HTML代码。