在PHP中，我们可以使用内置的函数来读取和修改配置文件，这里我们以.ini格式的配置文件为例进行说明。

我们需要使用parse_ini_file()函数来读取配置文件的内容，这个函数会返回一个数组，数组的键是配置项的名称，值是配置项的值。

$config = parse_ini_file("config.ini", true);
print_r($config);

我们可以修改这个数组中的值，来改变配置项的值。

$config['section']['key'] = 'new value';

我们需要把修改后的数组写回到配置文件中，我们可以使用write_ini_file()函数来完成这个任务，但是需要注意的是，这个函数并不是PHP内置的函数，需要我们自己实现。

function write_ini_file($array, $file) {
    $data = "";
    foreach ($array as $key => $value) {
        if (is_array($value)) {
            $data .= "[" . $key . "]
";
            foreach ($value as $key2 => $value2) {
                $data .= $key2 . "=" . $value2 . "
";
            }
        } else {
            $data .= $key . "=" . $value . "
";
        }
    }
    if (!file_put_contents($file, $data)) {
        return false;
    } else {
        return true;
    }
}
write_ini_file($config, "config.ini");

以上就是在PHP中修改配置文件的基本步骤。