在MongoDB中，可以使用$set操作符来更新数组中的某个元素，具体操作如下：

1、确定要更新的文档和数组字段，假设我们有一个名为students的集合，其中包含一个名为grades的数组字段，我们想要更新数组中的某个元素。

2、使用updateOne()或updateMany()方法来更新文档，这两个方法都接受两个参数：查询条件和更新操作。

3、在更新操作中，使用$set操作符来指定要更新的数组元素。$set操作符接受一个数组索引和一个值作为参数。

下面是一个示例：

// 连接到MongoDB数据库
const MongoClient = require('mongodb').MongoClient;
const url = 'mongodb://localhost:27017';
const dbName = 'mydb';
MongoClient.connect(url, function(err, client) {
  if (err) throw err;
  const db = client.db(dbName);
  // 更新students集合中的第一个文档的grades数组的第一个元素
  const query = { name: '张三' };
  const update = { $set: { 'grades.0': 95 } };
  db.collection('students').updateOne(query, update, function(err, res) {
    if (err) throw err;
    console.log('文档更新成功');
    client.close();
  });
});

在这个示例中，我们将名为“张三”的学生的grades数组中的第一个元素更新为95，注意，数组索引是从0开始的。