PolarDB的binlog时间改成了3天，但历史数据没有清空的原因可能有以下几点：

1、数据同步延迟：在修改binlog时间后，需要一定的时间让新设置生效，在这个过程中，可能会有一些数据同步延迟，导致历史数据没有被清空。

2、binlog清理策略：PolarDB的binlog清理策略可能没有按照预期的方式执行，这可能是因为清理任务没有正确配置，或者清理任务没有按照预期的时间间隔执行。

3、数据保留策略：除了binlog时间设置外，PolarDB还可能有其他的数据保留策略，这些策略可能会影响历史数据的清理，如果设置了数据备份保留策略，那么即使binlog时间已经过期，历史数据也可能不会被清空。

4、系统错误或异常：在修改binlog时间的过程中，可能会出现一些系统错误或异常，导致历史数据没有被清空。

为了解决这个问题，可以尝试以下方法：

1、检查binlog清理任务的配置和执行情况，确保任务按照预期的时间间隔执行，并且能够正确地清理过期的binlog数据。

2、检查PolarDB的其他数据保留策略，如数据备份保留策略等，确保这些策略不会阻止历史数据的清理。

3、如果问题仍然存在，可以联系PolarDB的技术支持团队，寻求进一步的帮助和解决方案。