PHPCMS的模板目录通常位于安装目录下的templates文件夹内，具体结构如下：

主题模板文件：这些文件一般存放在名为"templates"的文件夹中，位于PHPCMS的安装根目录之下，如果你的PHPCMS安装在"/var/www/phpcms"这个路径下，那么模板文件就存放在"/var/www/phpcms/templates"里。

CSS和JS文件：样式表（CSS）和JavaScript（JS）文件则放置在根目录下的"statics"文件夹中，这意味着如果你的CSS或JS需要更新，你应该在这个"statics"文件夹中寻找对应的文件。

需要注意的是，如果需要进行在线修改，可能需要通过FTP将"templates"目录的权限设置为777，并应用到其子目录，以便能够进行写入操作。

在进行模板修改时，建议先备份原始文件，以防在修改过程中出现不可预料的问题，了解你所使用的PHPCMS版本也很重要，因为不同版本的系统可能会有不同的目录结构和文件命名方式。