Apache 设置虚拟目录和别名目录的方法如下：

1、配置虚拟主机

要设置虚拟目录，需要编辑 Apache 的配置文件，在大多数 Linux 发行版中，Apache 的主配置文件位于 /etc/httpd/conf/httpd.conf 或 /etc/apache2/apache2.conf，以下是一个简单的示例，展示了如何为两个网站创建虚拟目录：

<VirtualHost *:80>
    ServerName www.example1.com
    DocumentRoot /var/www/example1
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
    ServerName www.example2.com
    DocumentRoot /var/www/example2
</VirtualHost>

在这个示例中，我们为两个不同的域名（www.example1.com 和 www.example2.com）创建了两个虚拟主机，每个虚拟主机都有一个指定的文档根目录（DocumentRoot），这些目录分别存储着各自网站的文件。

2、配置别名目录

要设置别名目录，需要在 httpd.conf 或 apache2.conf 文件中添加以下内容：

Alias /alias1 /var/www/example1
Alias /alias2 /var/www/example2

在这个示例中，我们为两个别名目录（/alias1 和 /alias2）分别指定了对应的实际目录（/var/www/example1 和 /var/www/example2），当用户访问这些别名目录时，Apache 会自动将请求重定向到实际的文档根目录。

3、重启 Apache 服务

完成上述配置后，需要重启 Apache 服务以使更改生效，在大多数 Linux 发行版中，可以使用以下命令重启 Apache：

sudo systemctl restart httpd

或者

sudo systemctl restart apache2

现在，你应该可以通过虚拟域名访问相应的网站，也可以通过别名目录访问相应的网站。