更改网站的存放目录和MySQL的数据库存放目录需要分别进行操作，以下是详细的步骤：

1. 更改网站的存放目录

步骤1：找到网站配置文件

你需要找到你的网站配置文件，这个文件通常位于/etc/nginx/conf.d/目录下，以.conf为扩展名，如果你的网站名为example.com，那么配置文件可能是/etc/nginx/conf.d/example.com.conf。

步骤2：编辑配置文件

使用文本编辑器打开配置文件，找到root指令，这个指令定义了网站的根目录，它可能看起来像这样：

root /var/www/html;

将/var/www/html更改为你希望网站存放的新目录，如果你想将网站存放在/home/user/website，你应该将其更改为：

root /home/user/website;

步骤3：保存并重启Nginx

保存你的更改并关闭文件，运行以下命令重启Nginx：

sudo service nginx restart

2. 更改MySQL的数据库存放目录

步骤1：备份数据库

在进行任何更改之前，你应该先备份你的数据库，你可以使用mysqldump命令来完成这个任务，要备份名为mydb的数据库，你可以运行：

mysqldump u [username] p mydb > mydb_backup.sql

步骤2：停止MySQL服务

在更改数据库目录之前，你需要停止MySQL服务，你可以使用以下命令来完成这个任务：

sudo service mysql stop

步骤3：移动数据库文件

MySQL的数据文件通常位于/var/lib/mysql目录下，你可以使用mv命令将这些文件移动到新的位置，如果你想将数据库文件移动到/home/user/mysql，你应该运行：

sudo mv /var/lib/mysql /home/user/mysql

步骤4：创建符号链接

为了保持兼容性，你可能需要创建一个指向新位置的符号链接，你可以使用ln命令来完成这个任务：

sudo ln s /home/user/mysql /var/lib/mysql

步骤5：修改MySQL配置文件

接下来，你需要编辑MySQL的配置文件，告诉它新的数据目录位置，这个文件通常位于/etc/mysql/my.cnf或/etc/my.cnf，在这个文件中，找到datadir选项并将其更改为新的目录。

datadir = /home/user/mysql

步骤6：重启MySQL服务

保存你的更改并关闭文件，运行以下命令启动MySQL服务：

sudo service mysql start

以上就是如何更改网站的存放目录和MySQL的数据库存放目录的详细步骤。