MySQL查询超时时间配置可以通过以下步骤进行：

1、打开MySQL配置文件my.cnf（或my.ini，具体取决于操作系统），该文件通常位于MySQL安装目录下的etc文件夹中。

2、在配置文件中找到[mysqld]部分，这是MySQL服务器的主要配置部分。

3、在[mysqld]部分下添加或修改以下参数来设置查询超时时间：

wait_timeout：指定非交互式连接的等待超时时间，单位为秒，当一个非交互式连接在这段时间内没有任何活动时，它将被自动关闭，默认值为8小时（28800秒）。

interactive_timeout：指定交互式连接的等待超时时间，单位为秒，当一个交互式连接在这段时间内没有任何活动时，它将被自动关闭，默认值为8小时（28800秒）。

sql_select_limit：指定单个查询的最大执行时间，单位为秒，如果一个查询的执行时间超过了这个限制，它将被中断并显示一个错误消息，默认值为无穷大（no limit）。

4、保存并关闭配置文件。

5、重启MySQL服务器以使更改生效。

下面是一个示例的MySQL配置文件中的相关参数设置：

[mysqld]
wait_timeout = 28800
interactive_timeout = 28800
sql_select_limit = 600

上述配置将非交互式连接和交互式连接的等待超时时间都设置为8小时（28800秒），并将单个查询的最大执行时间设置为600秒。

请注意，这些参数的具体取值应根据实际需求进行调整。